После кончины о. Серафима, маленького Александра и его мать продолжали духовно окормлять ученики старца, но наибольшее влияние на развитие будущего священника в те годы оказала настоятельница подпольного монастыря схимонахиня Мария (1879-1961).
Позже отец Александр напишет о ней: «Подвижница и молитвенница, она была совершенно лишена черт ханжества, староверства и узости, которые нередко встречаются среди лиц ее звания. Всегда полная пасхальной радости, глубокой преданности воле Божией, ощущения близости духовного мира, она напоминала чем-то преподобного Серафима или Франциска Ассизского. У матушки Марии была черта, роднящая ее с Оптинскими старцами и которая мне так дорога в них. Эта черта - открытость к людям, их проблемам, их поискам, открытость миру».
В 1943 - 1953 годах Александр учится в Московской мужской школе ном. 554 на Серпуховке (напротив Плехановского института). Ему с его способностями было душно в школьном мирке, энтузиазма к учебе не было, и о школе он сохранил самые мрачные воспоминания. Удивительно, но среди учеников этой школы было потом немало выдающихся личностей – поэт Андрей Вознесенский, режиссер Андрей Тарковский и др.
У молодого Александра были широкие интересы. Он любил литературу, поэзию, музыку, живопись, писал и иконы. Был страстно увлечен изучением природы, астрономией, биологией. Много читал творения Святых отцов и о них (Иоанн Златоуст, Василий Великий, Григорий Богослов, блаженный Августин, а также Добротолюбие и труды св. Феофана Затворника).
Его постоянные увлечения: кружок рисования у художника-анималиста Василия Александровича Ватагина в Зоологическом музее (потом у анималиста Трофимова), а также регулярные занятия биологией в биологическом кружке П.П. Смолина при Педагогическом институте. Александр увлеченно посещал Музей изобразительных искусств. Знал его досконально. Но также с детства он очень любил природу, часто ходил в загородные походы. Начал заниматься литературным творчеством в 8 лет, писал стихи и художественные эссе, а также очерки о природе и истории.
В подростковый период читает книги по философии, богословию, биологии, истории, часто посещает Консерваторию, ходит в зоопарк рисовать животных. Позже отец Александр часто повторял: «Бог дал нам две книги: Библию и природу».
После возрождения Православной Церкви в 40 -х годах оставшиеся в живых духовные дети отцов Мечевых организовали в Москве подпольный кружок, который собирался в основном на квартире Бориса Александровича Васильева. Тайный священник, палеонтолог, этнограф и историк, автор книги о Пушкине (ему принадлежит книга «Духовный путь Пушкина». М, 1994 г.) этот незаурядный человек прошел через тюрьмы, лагеря и ссылку. Он и его жена Татьяна Ивановна Куприянова устраивали в эти страшные годы на своей квартире лекции по культуре и религии, совместные чтения и обсуждения Священного Писания. Вера Яковлевна и Елена Семеновна дружили с этой семьей. Татьяна Ивановна бесстрашно занималась с детьми, обучая их основам веры. Именно Борис Васильев поощрял Александра изучать библейскую историю, древний Восток, и всегда призывал согласовывать современные научные знания с верой.
В 1947-48 году молодой Александр принимает решение стать священником. В возрасте 15 лет он начал читать на клиросе, петь в хоре и прислуживать в алтаре церкви Рождества Иоанна Предтечи на Красной Пресне. Немного позже он знакомится с инспектором МДА А.В. Ведерниковым, который в дальнейшем всегда оказывал ему всяческую поддержку.
Анатолий Васильевич Ведерников (1901-1992) был одним из наиболее деятельных мирян в Русской Православной Церкви советского периода. В 20-е годы окончил Институт Слова, основанный Н.А. Бердяевым, после войны он – инспектор Московской Духовной Академии, а затем в 50-х начале 60-х г. – ответственный секретарь редакции «Журнала Московской Патриархии».
В 1953 году Александр закончил школу, к этому же времени он самостоятельно освоил всю программу Духовной семинарии, но до поступления в Духовную академию решил отдать дань своему увлечению биологической наукой. В 1953 году он поступил в Московский Пушно-меховой институт, находившийся в Балашихе. Учился на охотоведческом факультете, который в 1955 году перевели в Сельскохозяйственный институт в Иркутск. Институтские годы вспоминал с удовольствием, учился с интересом, был душой факультета. Одновременно в Иркутске самостоятельно прошел почти весь курс Духовной Академии. Параллельно с учебой работал в епархиальном управлении, числясь истопником. Это стало известно в институте, и его взгляды отразились на результате госэкзамена по марксизму-ленинизму. В результате его отчислили в мае 1958 года, когда им был уже сдан первый госэкзамен.
В 50-х годах Александр познакомился с трудами Владимира Соловьева, который с тех пор стал его духовным учителем. Про Соловьева говорил, что тот «соединил в нем веру и наследие Святых отцов с философским мышлением». Но софиологию, апокалиптический пессимизм и утопические идеи Соловьева никогда не принимал. В те же годы много читал старых философов: Спинозу, Декарта, Лейбница. Его богословские интересы вращались вокруг апологетики. На 1-м курсе прочел «Столп и утверждение истины» Флоренского, был им восхищен. Тогда же задумал очерк общей истории Церкви (первую часть «Древняя Церковь» закончил в 1956 году, вторую «Средние века» - в 1957 году).
В процессе изучения истории Церкви целиком перешел на экуменические позиции (единство христианских Церквей). На этой почве в студенческие годы сблизился с Николаем Евграфовичем Пестовым (1892-1982). Интеллектуал, открытый миру, профессор, доктор химических наук, Пестов помог Александру узнать западное христианство.
Уже вскоре после рукоположения (1960 г.) отец Александр сформировал все свои экуменические принципы, которым всегда следовал в своем пастырском служении. Он видел преимущества в других Церквах, но был истинно православным священником и, считая Церковь единой, всегда негативно относился к переходам в другие конфессии.
История Церкви для него – это борьба подлинного христианства с языческими наслоениями. Мракобесие и обскурантизм считал позором для христиан. Рассказывал, что из богословов больше всего обязан русской религиозной мысли: В. Соловьеву, Н. Бердяеву, Н. Лосскому, П. Флоренскому, С. Булгакову (раннему) и С. Франку. Очень ценил С. Трубецкого. Из западных считал наиболее важными для себя К. Даусена, Гарнака (хотя его взгляды в целом не разделял), Честертона, Любака. В 1961 году познакомился с трудами Тейара де Шардена, который ему был очень близок. Из новых философов отцу Александру были наиболее близки Бергсон, Джеймс.
В середине 50-х будущий отец Александр сближается с другом и прихожанином отцов Мечевых – отцом Николаем Александровичем Голубцовым, в прошлом дипломированным биологом. Его тогда называли пастырем московской интеллигенции. Николай Голубцов был человек открытый и демократичный, способный вести диалог с неверующими. Пастырское служение интеллигенции отец Александр наследовал от него. Отец Николай до самой своей смерти (1963 г.) был духовником Александра Меня.